نماینده مردم شازند در مجلس شورای اسلامی با اشاره به اینکه گزارش های مرکز پژوهش های مجلس اهداف سیاسی را دنبال می کند تاکید کرد: گزارش های این مرکز کارشناسی نیست."محمود احمدی بیغش" با تاکید بر اینکه در پس تمامی این گزارش ها اهداف سیاسی نهفته است، گفت: برخی به دلیل آنکه نمی توانند موفقیت ها و پیشرفت های دولت را ببینند از روی حسادت اینگونه گزارش ها را می نویسند.وی اظهار داشت: عده ای همواره تلاش کردند فعالیت ها و اقدامات مثبت دولت را زیر سوال ببرند ولی بدانند این حسادت روزی آنان را به لبه پرتگاه می کشاند.عضو کمیسیون امنیت ملی وسیاست خارجی مجلس شورای اسلامی با بیان اینکه گزارش های این مرکز کارشناسی نیست گفت: دولت تنها باید به تصمیماتی که در صحن علنی مجلس به صورت قانون در می آید عمل کند و قرار نیست مرکزی مانند مرکز پژوهش ها که یک مکان علمی است برای دولت تصمیم گیری کند.وی اظهار داشت: دولت باید با توکل به خدا و بنا بر دستورات رهبر معظم انقلاب و مصوبات مجلس در صحن علنی جلو برود و به اینگونه گزارش ها که تنها از روی حسادت است توجهی نداشته باشد.نایب رییس کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس شورای اسلامی تاکید کرد: مرکز پژوهش های مجلس به جای ترس و وحشت از نتیجه کار، بهتر است ریسک پذیری و شجاعت را از دولت احمدی نژاد یاد بگیرد."محمد اسماعیل کوثری" در گفت وگو با خبرنگار سیاسی ایرنا، در خصوص عملکرد مرکز پژوهش های مجلس گفت: گزارش مرکز پژوهش ها در خصوص هدفمند کردن یارانه ها بیشتر بر اساس یک تحلیل کلاسیک صرف است یعنی آن قدر که روی تحلیل های کلاسیک به طور مطلق تکیه می کنند پارامترهای دیگر را در نظر نمی گیرند.وی اظهار داشت: مرکز پژوهش های مجلس بداند، اگر در این 31 سال پس از پیروزی انقلاب اسلامی، کارهایمان را براساس تفکر کلاسیک صرف جلو می بردیم مطمئنا می بایست درجا بزنیم و هیچ گاه پیشرفت نمی کردیم.نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی در ادامه بیان کرد: امام راحل و رهبر معظم انقلاب همواره به ما نشان دادند که در مدیریت اسلامی علاوه بر فکر و تحقیق، باید ریسک پذیر نیز بود.وی بیان کرد: مرکز پژوهش های مجلس نباید به هر مطلبی که در تحلیل کلاسیک رسید را بیان کند بلکه باید ریسک پذیر باشد و شجاعت لازم را داشته باشد.کوثری با بیان اینکه مرکز پژوهش های مجلس شجاعت لازم را ندارد و به هیچ عنوان ریسک پذیر نیست اظهار داشت: این مرکز، بیشتر تحلیل هایش از روی، ترس و وحشت از این است که شاید در آینده به نتیجه نرسیم ولی این مرکز باید شجاعت و جسارت لازم را به خرج دهد.وی افزود: باید همواره به دولت کمک کنیم که به نتیجه برسد نه آنکه با ترس و وحشت از نتیجه کار مانع اقدامات مثبت شوند.سخنگوی اقتصادی دولت نیز در واکنش به گزارش‌های مرکز پژوهش‌های مجلس با تاکید بر اینکه دولت گزارش های مرکز پژوهش های مجلس را قبول ندارد بیان کرد: مدل‌های مورد استفاده مرکز پژوهش‌های مجلس درباره تورم هدفمند کردن یارانه ها درست نیست.
سیدشمس‌الدین حسینی بابیان این که دولت گزارش‌های مرکز پژوهش‌ها را قبول ندارد، گفت: تورم هدفمند کردن یارانه‌ها خیلی پائین‌تر از این اعداد و ارقام است و پیش‌بینی مرکز پژوهش‌های مجلس در این زمینه مورد قبول نیست.
سخنگوی اقتصادی دولت درباره اظهارنظر برخی از منتقدان درباره تورم 40 هزار میلیارد تومانی یارانه‌ها تصریح کرد: این پیش‌بینی‌ها اصلاً مورد قبول دولت نیست، چرا که دلایل متعددی برای تردید یا رد کردن اعداد و ارقام پیش‌بینی شده وجود دارد.حسینی در ادامه با تأکید بر رد هرگونه پیش‌بینی و اظهارنظر در این زمینه گفت: مدل‌هایی که برخی مراکز و دستگاه‌ها برای این نوع پیش‌بینی‌ها استفاده کرده‌اند مدل‌های بسیار دم‌دستی و قدیمی است، به گونه‌ای که سال‌هاست این مدل‌ها برای این‌گونه پیش‌بینی‌های اقتصادی مورد استفاده قرار نمی‌گیرد و حتی برخی از آنها نیز اصلاح شده است.وزیر اقتصاد ادامه داد: در حالی که امروز مدل‌های کامل‌تری وجود دارد که برای این نوع پیش‌بینی‌ها مورد استفاده مراکز معتبر آماری و پژوهشی قرار می‌گیرد.وی در ادامه با بیان این‌که شبیه‌سازی دوستان و مراکز آنها ناقص است، تصریح کرد: نکته بعد در این زمینه این‌که اساساً تمام این مدل‌ها به نوعی گذشته‌نگر هستند به گونه‌ای که به لحاظ علمی نیز روندها و ساختارهای گذشته را مبنا قرار می‌دهند و حتی تغییرات را شبیه‌سازی می‌کنند.سخنگوی اقتصادی دولت با توضیح این‌که حتی خود اقتصاددانان نیز معتقدند که این مدل‌ها می‌تواند در شرایطی که تغییرات متعارفی از اقتصاد به وجود بیاید قابل توجه باشد، اضافه کرد: هنگامی که تغییرات سبب اصلاح ساختارها می‌شود، روند گذشته را کاملاً متفاوت می‌کند، نسبت قیمت‌های نسبی را کاملاً به هم می‌ریزد و حتی رفتارها را نیز تغییر می‌دهد، بنابراین می‌توان اذعان کرد که نتایج این مدل‌ها قابل اتکا نیست.حسینی ادامه داد: منتهی نکته‌ای که در این جا نباید فراموش شود پاسخ به این سؤال است که مدل‌های پیش‌بینی شده در مورد تورم توسط برخی از مراکز پژوهشی، سایر سیاست‌ها و اقدامات دولت را چگونه تحلیل کرده‌اند؟ در خصوص کیفیت اجرایی سیاست‌های دولت در زمان بعد و حال آن ، چه پیش‌بینی کرده‌اند؟ و اجزا و مؤلفه‌ سیاست‌های تعبیه شده در هدفمند کردن یارانه‌ها را چگونه مورد بررسی و تجزیه و تحلیل قرار داده‌اند؟و ده ها سؤال دیگر ...؟
وی گفت: محاسبات مرکز پژوهش‌ها و مراکز مشابه بر این فرض است که هنگامی که قیمت‌ها افزایش پیدا می‌کند دولت دست روی دست می‌گذارد و تنها شاهد افزایش‌های احتمالی برخی از کالاهای خدماتی خواهد بود و آنها در گزارش‌های خود اقدامات دولت را مدنظر قرار نداده‌اند.سخنگوی اقتصادی دولت در بخش دیگری از گفتگوی خود با روزنامه ایران با اشاره به اقدامات متعدد دولت در این حوزه برای مقابله با افزایش‌های احتمالی برخی از کالاها و خدمات توضیح داد: به‌عنوان مثال سؤال این است که چه شده افزایش قیمت 30 درصدی آهن که طی دو، سه هفته گذشته بازتاب زیادی در رسانه‌ها و جامعه پیدا کرده بود به یک دفعه سقوط کرد و با کنترل بموقع دولت حتی با تنزل و کاهش نیز روبه‌رو شد؟ دولت با اقدامات مناسب و بموقعی که در بازار آهن انجام داد، بازار آهن را کمک کرد و با سوداگران و دلالان بموقع برخورد و مقابله کرد و نتیجه نیز بازگشت آرامش به بازار بود.وزیر اقتصاد یادآور شد: متأسفانه برخی از دوستان و همکاران اقتصاددان ما در برخی از این مراکز که چنین گزارش‌هایی را منتشر می‌کنند این موارد را در گزارش‌های خود جای نداده‌اند و حتی به آن اشاره‌ای نکرده‌اند.نتایج یک بررسی کارشناسی حاکی از آن است که گزارش های تولید شده در مرکز پژوهش های مجلس که قاعدتا باید براساس اصول علمی و پژوهشی به ویژه بی طرفی و بدون جانبداری در قضاوت تهیه شود براساس رویکردی خاص به ابزاری ژورنالیستی برای هجمه تبلیغاتی به دولت تبدیل شده است.
تیترها و عناوینی همچون "لایحه بودجه 89 کل کشور منابع و مصارف دولت را به دقت برآورد نکرده است"،"لایحه بودجه توانایی برقراری انضباط مالی در بخش عمومی کشور در سال 1389 را ندارد"، "لایحه بودجه سال 1389 در عمل می‌تواند موجب بی‌انضباطی مالی گسترده‌ای در سال 1389 شود"، "کاهش شدید رشد اقتصادی با اجرای بودجه 89"،"لایحه بودجه سال 1389 با قوانین محاسبات عمومی و برنامه و بودجه مغایرت‌هایی دارد"،"اعتبارات یارانه‌ای بودجه 89 مخدوش است"، "مغایرت‌های متعدد‌ لایحه بودجه 89 با قانون اصل 44"،"ضعف های بخش صنعت و معدن در بودجه 89"،"بودجه 89 در رابطه با توسعه روستایی دچار ایراد محتوایی و ساختاری است"، "تورم 68 درصدی با اجرای بودجه 89"،"افزایش اعتبارات رفاه و تامین اجتماعی در بودجه 89 واقعی نیست" و "مغایرت‌های حقوقی بودجه 89 " نمونه ‌‌هایی از عناوین استخراج شده از گزارش‌های منتشره توسط مرکز پژوهش‌های مجلس درباره لایحه بودجه سال 1389 است که در روزها و هفته‌های اخیر دستمایه هجمه سنگین علیه دولت شده است.این گزارش می افزاید:طی سال‌های اخیرهرگاه که دولت احمدی نژاد لایحه بودجه را تقدیم مجلس کرده است گزارش‌های انتقادی مرکز پژوهش‌های مجلس، نقش اصلی را در تغذیه رسانه‌ها، نمایندگان و فعالان سیاسی منتقد دولت عهده‌دارشده است.این گزارش‌ها که همواره لقب "کارشناسی"را یدک می‌کشند و با استناد به مفاد آنها، لوایح بودجه دولت به "غیرکارشناسی" بودن متهم می‌شوند،اکنون با زیرپا گذاشتن اصول تهیه مقالات و گزارش های کارشناسی به ابزار تولید انبوه تیترعلیه دولت و هجمه خبری به آن تبدیل شده است.طبق مواضع گزارش‌های مرکز پژوهش‌ها، لوایح بودجه‌ای دولت آکنده از موارد غیرقانونی هستند و خواسته‌های دولت نیزغیرکارشناسی است و مرکز پژوهش‌ها شجاعانه و با مطالعات عمیق کارشناسی پرده از این اقدامات و خواسته‌های غیرکارشناسی برمی‌دارد.درحالی که اگر یک بررسی علمی بدون جانبداری و قضاوت یک طرفه که خصوصیت کار علمی کارشناسی است تهیه شود باید به بیان نکات مثبت نیز بپردازد.طی سال جاری نیز با ارایه لایحه بودجه 1389 که طرح عظیم و حیاتی هدفمند کردن یارانه‌ها نیز در آن گنجانده شده، رویه سال‌های قبل مرکز پژوهش‌های مجلس با شدت بیشتری ادامه یافته است.مرکز پژوهش‌های مجلس طی روزها و هفته‌های اخیر نیز در حالی دهها گزارش علیه لایحه بودجه 1389 تحت عنوان "گزارش کارشناسی"منتشر کرده که تجربه سال گذشته نشان می‌ دهد گزارش‌های این مرکز صرفا برای جریان‌سازی علیه دولت و ایجاد خوراک تبلیغاتی برای رسانه‌های خارجی ضد انقلاب و برخی محافل داخلی مخالف دولت تهیه می‌شود.
این گزارش می افزاید: نمونه گزارش‌های غیرکارشناسی این مرکز که به جای اصول نقد علمی بیشتر تحت تاثیر تمایلات سیاسی منتشر می‌شود گزارشی است که بهمن ماه سال گذشته با موضوع «کسری بودجه 44 هزار میلیارد تومانی لایحه بودجه سال 88 کل کشور» جنجال بزرگی علیه دولت به پا کرد .
این گزارش سال گذشته درآستانه انتخابات و درپی جریان سازی علیه دولت با تیترهای جنجالی همچون «گزارش مرکز پژوهش ها ازکسری 44 هزار میلیاردی بودجه» در روزنامه‌های مخالف دولت انعکاس پیدا کرد نکته مهم آن بود که این گزارش دستمایه غیرواقعی جلوه دادن سخنان رییس‌جمهور به هنگام تقدیم لایحه بودجه 88 قرار گرفت چرا که دکتر احمدی‌نژاد از تدوین بدون کسری بودجه سخن گفته بود.جوسازی ناشی از این گزارش مرکز پژوهش‌ها تا مدت‌ها و البته با سکوت مسئولان این مرکز ادامه داشت و با وجود اظهارنظر مسئولان معاونت برنامه ‌ریزی و نظارت راهبردی رییس‌جمهور درباره بی‌ اساس بودن ادعای کسری 44هزار میلیارد تومانی بودجه 88، حجم هجمه علیه دولت کاهش پیدا نکرد .بنابراین گزارش درپی این جوسازی ها رییس‌جمهوردرگفت‌وگوی تلویزیونی خود با رد گزارش مرکز پژوهش های مجلس مبنی بر این که لایحه بودجه سال 1388 بالغ بر 44 هزار میلیارد تومان کسری دارد گفت: لایحه بودجه تقدیمی به مجلس شورای اسلامی نه تنها کسری آشکار بلکه کسری پنهان نیز ندارد.وی افزود:شاید برخی درآمدهای پیش بینی شده در این بودجه محقق نشود اما این موضوع طبیعی است به طوریکه همه ساز و کارها در این لایحه پیش بینی شده است اگرمرکزپژوهش های مجلس نیزارقامی درخصوص کسری بودجه اعلام می کند باید راهکارهایی نیز ارایه کند تا در بررسی لایحه بودجه لحاظ شود.نزدیک شدن به پایان سال 1388 فرصت مناسبی برای ارزیابی صحت و عیار این گزارش جنجالی مرکز پژوهش‌های مجلس است، باید از مرکز پژوهش‌های مجلس پرسید 44هزار میلیارد تومان کسری بودجه امسال چه شد؟ آیا گزارش این مرکز، علمی و کارشناسی بود یا پاسخ دولت و رییس‌جمهور؟
اگر ادعای مرکز پژوهش‌ ها درست بود و لایحه بودجه امسال 44هزار میلیارد تومان کسری داشت که دولت اصلا نه می‌توانست حقوق کارمندان را پرداخت کند و نه می‌ توانست بودجه عمرانی را پرداخت نماید.شاید گفته شود جنجال رسانه‌ها ناشی از برداشت نادرست آنان ازگزارش مرکز پژوهش‌ها باشد که دراین باره نیز باید پرسید اگر چنین اتفاقی افتاده چرا این مرکزهمان موقع اقدام به شفاف‌ سازی درباره گزارش خود نکرد تا دولت به مدت چند هفته شاهد جوسازی گسترده نباشد و رییس مرکز پژوهش‌ها نیز به جهت‌ گیری سیاسی علیه دولت در قالب گزارش‌های اقتصادی مرکزمتبوع خود متهم نشود؟ تا چه زمانی دولت باید شاهد جنجال‌های رسانه‌ ای ناشی از گزارش‌های سیاسی این مرکز باشد؟ آیا اینگونه گزارش‌ها و نحوه انعکاس رسانه‌ای آن، بیانگر حرکت این مرکز از بخش نقد به بخش تخریب نیست؟
بهتر است مسئولان مرکز پژوهش‌های مجلس به فرمایشات رهبر معظم انقلاب دردیدار با اعضای هیات دولت طی 2سال اخیرتوجه کنند ایشان در این جلسه فرمودند:«این انتقادهایى که می‌ شود همه یک جور نیست. بعضى‌‌‌‌‌ ‌ها به قصد اصلاح نیست، بلکه به قصد تخریب است؛ هم از مجموعه مطبوعات خودمان، هم پشتوانه آنها....این چند سال، خیلى اهانتها به شما شد، کینه‌‌‌‌‌‌توزى شد، اهانت شد. اینها را تحمل کردید. این تحملها هم پیش خداى متعال اجر دارد.... انتقاد با تخریب فرق دارد. متاسفانه خیلی ها تخریب می کنند، ولى اسمش را می گذارند انتقاد... آدم متاسفانه مى‏بیند چیزهایى که به نام انتقاد از دولت و نقادى دولت، امروز گفته می شود، شکل همین تخریب را دارد یعنى انکار امتیازات، قبول نکردن برجستگی ها و کارهاى خوب، و درشت کردن و برجسته کردن ضعفها.ضعف هست. هردولتى بالاخره ضعف دارد انسانها ضعف دارند دیگر؛ ضعفها را بگویند، قوتها را بگویند. جمع‏بندىِ کار یک دولت، آن وقتى است که ضعفها و قوتها را منصفانه پهلوى همدیگر قرار بدهند؛ آن وقت می شود جمع‏بندى کرد. نه اینکه بیایند یکسره بنا کنند به بدگویى کردن و انکار کردن همه‏ى خصوصیات... انتقاد خوب است، تخریب بد است؛ انتقاد خدمت است، تخریب خیانت است؛ نه خیانت به دولت، بلکه خیانت به نظام و خیانت به کشور است. نباید تخریب بکنند، انتقاد بکنند.... البته شما در شنیدن انتقادها سعه‏ صدر داشته باشید. یعنى واقعاً اگر انتقادى منصفانه است، با روى باز بپذیرید. حتى من میخواهم به شما توصیه کنم که تخریبها را هم تحمل کنید.»